Nie był on typowym przedstawicielem bananowej młodzieży. W 1961 roku w wieku 23 lat ukończył antropologię na Uniwersytecie Harvarda. Jego ojciec, Nelson Rockefeller, wysłał syna na Papuę-Nową Gwineę, aby zebrał eksponaty do muzeum w Nowym Jorku, którego to miasta był burmistrzem. Michael przez wiele miesiące w pocie czoła zbierał pamiątki, aż 17 listopada kilka kilometrów od Wybrzeża Kazuarin katamaran, którego był pasażerem, się przewrócił. Szczęśliwie wszyscy zdołali dostać się na dryfujący wrak. Sytuacja nie wyglądała na beznadziejną, ponieważ widoczny był brzeg. Dwóch lokalnych przewodników spróbowała się do niego dostać wpław, po czym słuch po nich zaginął. Zniecierpliwiony Michael po dwóch dniach zdecydował sam spróbować dopłynąć do brzegu. Wtedy widziano go po raz ostatni.

Najpewniej przecenił swoje siły i utonął. Być może padł ofiarą rekinów. Nie brak jednak teorii, że dotarł do brzegu, gdzie padł ofiarą kanibali. Podobno rodzina Rockefellerów do dzisiaj jest w posiadaniu jego czaszki, która dekadę później została odkupiona od jednego z lokalnych plemion.